１９９１年６月、ユーゴスラヴィア連邦を構成していたスロヴェニアとクロアティアが相次いで独立宣言したことからユーゴスラヴィア連邦の解体が始まった。１１月にはマケドニアも独立、さらに翌９２年３月、ボスニア・ヘルツェゴヴィナが独立を宣言した。ユーゴスラヴィア連邦６共和国の内、４共和国が分離独立すると、分離に反対していたセルビア共和国とモンテネグロ共和国は、４月に新たにユーゴスラヴィア連邦を結成した。これを前と別に新ユーゴスラヴィア連邦と言っている。
　連邦大統領にはセルビアのミロシェヴィッチが就任、すでに始まっていたユーゴスラヴィア内戦でのセルビア人勢力の中心として、強硬な民族主義路線をとっていく。国際世論もセルビア勢力を侵略者、非人道的な民族浄化の犯罪者と見るようになり、アメリカ主導のＮＡＴＯ空爆を受け、９５年に和平に応じた。
　その後、１９９９年から新ユーゴスラヴィア連邦のセルビア共和国内の自治州コソヴォのアルバニア人勢力が独立運動を開始、ここでも苦境に立たされた。同年、ミロシェヴィッチは死去し、次第に国際協調路線に転換、その過程でモンテネグロの分離運動が始まり、それを抑えるために２００３年には連邦制を解消して、セルビア＝モンテネグロという二国連合に転換した。そのに国連合も、２００６年にモンテネグロが分離したため、セルビアは単独の一国家となった。さらに二つの自治州のうち、コソヴォが２００８年に一方的に独立宣言をしているが、セルビアはまだ承認していない。