それまでのチベット仏教が仏教以前のチベットの土俗的宗教であるボン教の要素が強く、呪術的な現世利益を求めるものであったのに対し、戒律を厳しくし仏教本来の倫理性を強めようとした。その教派は黄帽派（またはゲルク派）と云われ、チベット仏教の主流となる。黄帽派は戒律が厳しく、妻帯できないため、教主（ラマ）の後継者は仏教の輪廻転生の教えに基づき、教主の死んだ時刻に産まれた男子から選ぶ、「転生ラマ」の制度がとられた。ところがツォンカパの死後、その教えは二系統に分かれ、主流はダライ＝ラマが、傍系がパンチェン＝ラマが継承することとなった。