１６３８年、清のホンタイジ（太宗）が内モンゴルのチャハル部を平定したときに置いたのが始まりで、清朝の征服地がひろがるとともに管轄範囲が広がった。最終的にはモンゴル、青海、チベット、新疆（ウイグル）の４藩部を統治することとなった。一時、礼部の下部組織となったがまもなく独立し、以後一貫して藩部の統治機関として続いた。理藩院は中央政府の中で吏・戸・礼・兵・刑・工の六部と同列に列せられ、その長官（尚書・侍郎）は満州人（女真人）のみが任命された。