１９４９年、オランダ王国とインドネシア共和国との間のインドネシア独立戦争を終結させたハーグ協定によって成立した国家である。
　旧オランダ領東インドの地域にオランダから主権を委譲されて成立した国家の連合体であり、その構成国は、スカルノたちが独立を宣言したインドネシア共和国とそれ以外の６国家、および９準国家、合計１６カ国からなっていた。ここでいうインドネシア共和国とはジャワ島の一部とスマトラ島の一部だけであるが、人口は３１００万を占めていた。それ以外の６国家とは、東インドネシア、パスンダン、東ジャワ、マドゥラ、東スマトラ、南スマトラの各国。準国家はカリマンタンなどの周辺の諸島であった。インドネシア共和国以外の諸国家は人口１０万から１１００万までふぞろいであるだけでなく、いずれもオランダの傀儡政権として存在するだけであった。つまりインドネシア連邦共和国とは、オランダとの停戦を実現するための暫定的な形態であった。連邦共和国大統領にはスカルノ、副大統領にはハッタが就任した。この連邦は、翌１９５０年に改めてインドネシア共和国に一本化され、短命であった。