中世ヨーロッパのローマ＝カトリック教会では異端は厳しく取り締まられていたが、１３世紀のローマ教皇権が最も強大になった時期に、一方でワルド派やカタリ派（アルビジョワ派）の異端が増加したところから、ローマ教皇インノケンティウス３世（在位１１９８～１２１６年）は対策を強化し、人々に異端告発の義務を課し、専門の異端審問官（教皇直属）を置く教会裁判制度をつくった。この裁判は、非公開、弁護なし、密告、拷問という手段で審理された。１２３３年にはローマ教皇グレゴリウス９世は審問権を教皇に集中させ、異端審問を開始、異端あるいは魔女と判定されれば世俗当局によって刑が執行された。

スペインの異端審問

　カスティリヤ王国で１３９１年６月に、セビリャから大規模なユダヤ人襲撃が始まった。レコンキスタで激しくイスラーム教国と闘ったキリスト教国で、次第に異教徒に対する敵意が醸成されていたことが背景にあった。そのため多くのユダヤ人がユダヤ教を捨て、キリスト教に改宗するものがふえてたが、カトリック教会側は偽装改宗を疑い、その摘発を熱心に行うようになった。
　１４７９年にカスティーリャとアラゴンの統合が実現し、スペイン王国が成立した翌年の１４８０年、ローマ教皇は二人のドミニコ会修道会の修道士に対し、セビリャ地方で取り締まりに当たることを命じ、翌年、スペインで初の宗教裁判が開かれ、男女６人のユダヤ人が先祖の信仰に忠実であったという理由で火あぶりの刑に処せられた。１４８３年にはスペインの初代の「宗教裁判所長官」にトマス＝デ＝トルケマダが任命された。トルケマダは自身がユダヤ系であった。＜セーシル＝ロス『ユダヤ人の歴史』1961 みすず書房 p.159-160＞
　ユダヤ系のキリスト教徒の中でその信仰の真偽をめぐって争っていたのだった。

Episode　恐るべき異端審問官

　異端審問の制度は、全キリスト教世界に広がったが、もっとも徹底されてたのは１５世紀のスペインだった。１４８３年に成立したスペインの異端審問中央本部の長官トルケマダは、在職１８年間に９万人を終身禁固に、８０００人を火刑に処したと伝えられる。＜森島恒雄『魔女狩り』岩波新書＞　→　スペインのユダヤ人改宗者、コンベルソ　　魔女裁判／魔女狩り

ドミニコ会修道士

　疑いをかけられるとほとんど有罪となり、最高刑は火刑とされた。この異端審問の先頭に立って活動したのがドミニコ会修道会の修道士たちであった。彼等は熱心で敬虔なキリスト教徒信者であったが、こと異端に対する態度は狂信的で、徹底的な撲滅をめざして活動した。

宗教改革と宗教裁判所

　１６世紀に宗教改革が始まりるとカトリック教会は強い危機意識を持ち、教皇パウルス３世は１５４２年にローマに宗教裁判所が設けられ、異端審問もそこで行われるようになった。１５４５年から１５６３年にかけてトリエント公会議後、カトリック教会はプロテスタント側との非妥協的、非寛容な姿勢を強め、対抗宗教改革（反宗教改革）を開始するが、その中心的な役割を宗教裁判所がになうこととなる。