ローマ＝カトリック教会の全盛期のローマ教皇。在位１１９８～１２１６年。ドイツ国王の選出に干渉し、ローマ教皇による採決権を主張、意のままにならないドイツ王（神聖ローマ皇帝オットー４世）を破門にしてしまった。また、王妃離婚問題からフランスのフィリップ２世を、さらにカンタベリー大司教叙任問題でイギリス王ジョンをそれぞれ破門し、屈服させた。ローマ教皇のもとで、英独仏の君主が破門されたり、意のままに操られる事態となり、教皇権は最高潮に達したと言える。このような事態を示す言葉が、「教皇は太陽、皇帝は月」という彼自身の言葉である。

第４回十字軍とラテン帝国

　１２０２年には第４回十字軍を提唱した。それによって実施された十字軍は、ヴェネツィア商人の要請もあって、１２０４年にビザンツ帝国の都コンスタンティノープルを攻撃、占領するという挙に出た。聖地回復という表向きの目的に反する行為に対し、インノケンティウスは激怒し、第４回十字軍を破門にした。
　しかし、コンスタンティノープルを征服したラテン人がその地にラテン帝国を樹立すると、一転してインノケンティウスは破門を取り消して称賛し、東方教会のラテン化（ローマ教会化）を命じた。その結果、ラテン帝国ではコンスタンティノープル総主教以下のギリシア人主教は罷免され、教会・修道院の財産は没収され、ローマ教会の信条を唱えることを強要された。それを拒否した修道士は処刑された。それによって東方教会（ギリシア正教）のローマ教会への憎悪はたかまり、キリスト教会の東西分裂は修復不可能にまでなったといわれている。

異端取り締まり

　このころ、南フランスのトゥールーズ地方で盛んになったカタリ派の異端に対しては、１２０９年、フランス王国のフィリップ２世に要請し、アルビジョワ十字軍を派遣させ、その根絶をはかった。この十字軍はルイ９世の時まで続き、１２２９年に終了する。
　異端根絶に熱心である一方、修道士の活動は保護した。１２１０年には徹底した清貧生活を送る修道士のアッシジのフランチェスコの活動を認め、フランチェスコ会修道会という托鉢修道会の活動が盛んになった。

「教皇は太陽、皇帝は月」

　１３世紀はじめ、ローマ＝カトリック教会のローマ教皇の最盛期を出現させた、インノケンティウス３世が自ら述べた言葉で、ローマ教皇の教皇権と世俗の権力の皇帝権の関係を比喩で述べたもの。ローマ教皇が世俗の皇帝権に優越することを意味しており、叙任権闘争などを通じて強化された教皇権が、頂点に達したことを示している。この言葉は、１２１５年に開催された中世カトリック教会史上最大の公会議である第４ラテラン公会議で、教会の組織と教義の確定を行った際に、インノケンティウス３世の自身の演説の中で述べた言葉であった。またこの公会議では、ユダヤ教徒・イスラーム教徒のバッジ着用義務を定めるなど厳しい異端対策を立てた。

神聖ローマ帝国皇帝との争い

　当時、ドイツ・イタリア・ブルグンドのすべてを併せた大帝国であった神聖ローマ帝国のハインリヒ６世が急死し、帝位と王位をホーエンシュタウフェン家とゲルフ家が争い、１１９８年には二重国王選挙がおこなわれたが、インノケンティウス３世は調停者として裁定を下し、さらに１２０２年にはドイツ国王の世襲権を否定して、諸侯の選定する国王候補者に対する審査権を要求した。そればかりでなく１２０４年には世俗国家相互間の争いに上級裁判権の要求を掲げた。